辛未（十八日），大赦天下；任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧，封武昌郡公，王敦都推辞不接受。
当初，西晋灭亡，四方都劝元帝登基。（胡三省注：见九十卷建武元年。）王敦想专揽国政，顾忌元帝年长难以控制，想重新商议立君，王导不同意。等王敦攻克建康，对王导说：“不听我的话，几乎导致家族覆灭。”
王敦因太子有勇有谋，被朝廷内外所拥戴，想诬陷他不孝而废黜他，大会百官，问温峤说：“皇太子以什么德行着称？”声色俱厉。温峤说：“洞察幽微，思虑深远，不是浅陋之人所能估量的；从礼义来看，可以说是孝顺了。”（胡三省注：说太子既有洞察幽微、思虑深远的才能，又尽到了侍奉父母的礼节，以此化解王敦诬陷他不孝的企图。）众人都认为确实如此，王敦的阴谋于是失败。
元帝在广室殿召见周顗，（胡三省注：广室，殿名。）对他说：“近来的大事，两宫（皇宫和太子宫）平安，众人平安，大将军的做法固然符合大家的期望吧？”周顗说：“两宫自然像陛下说的那样，我们这些人还不知道会怎样。”护军长史郝嘏等劝周顗避开王敦，（胡三省注：周顗代替戴渊为护军将军，任命郝嘏为长史。）周顗说：“我身为大臣，朝廷衰败，难道能再在民间求活，向外投奔异族吗！”王敦的参军吕猗，曾经担任尚书郎，（胡三省注：晋朝称尚书郎为台郎。）本性奸诈谄媚，戴渊担任尚书时，痛恨他。吕猗劝说王敦：“周顗、戴渊都有很高的名望，足以迷惑众人，近来他们的话，毫无惭愧之色，您不除掉他们，恐怕必定会有再次起兵的忧患。”王敦一向忌妒二人的才能，心里很赞同，从容地问王导：“周顗、戴渊是南北众人所敬仰的人，（胡三省注：周顗是汝南人，戴渊是广陵人。晋朝南渡后，二人在当时名声第一。）应当登上三司（太尉、司徒、司空）之位是无疑的。”王导不回答。又说：“如果不能担任三司，只应担任尚书令或仆射吧？”（胡三省注：三司，指太尉、司徒、司空；令仆，指尚书令及左右仆射。）王导又不回答。王敦说：“如果不是这样，就应当杀掉他们！”王导还是不回答。丙子（二十三日），王敦派部将陈郡人邓岳逮捕周顗和戴渊。在此之前，王敦对谢鲲说：“我将任命周伯仁为尚书令，戴若思为仆射。”（胡三省注：戴渊，字若思。）这一天，又问谢鲲：“近来人心怎么样？”谢鲲说：“明公的举动，虽然想极力保全国家，但众人的议论实在没有理解您的高义。（胡三省注：说众人议论王敦起兵指向京城，不是正义的举动。）如果真能起用周顗、戴渊，那么民心就会安定了！”王敦发怒说：“你太粗疏了！这两个人不称职，我已经逮捕他们了！”谢鲲惊愕失措。参军王峤说：“‘人才众多，文王因此安宁。’（胡三省注：《诗经·大雅·文王》中的诗句。）为什么要杀戮名士！”王敦大怒，想斩杀王峤，众人不敢说话。谢鲲说：“明公举行大事，不杀一个人。王峤因为进献忠言违背了您的旨意，就被杀来祭鼓，（胡三省注：君所谓可而有否焉，臣献其否以成其可；君所谓否而有可焉，臣献其可以替其否。衅鼓，杀人以血涂鼓。）不也太过分了吗！”王敦于是释放了王峤，贬为领军长史。（胡三省注：大将军府参军被贬为领军长史，足以看出王敦的幕府比其他幕府重要。）王峤是王浑的族孙。
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周顗被捕，路过太庙，大声说：“贼臣王敦，颠覆国家，枉杀忠臣；神灵有灵，应当赶快杀了他！”逮捕他的人用戟刺伤他的嘴，血流到脚跟，他的神态自若，观看的人都为他流泪。周顗和戴渊一起在石头城的南门外被杀。
元帝派侍中王彬慰劳王敦，王彬一向和周顗交好，先去哭周顗，然后见王敦。王敦对他脸色悲伤感到奇怪，问他原因。王彬说：“刚才哭伯仁，感情不能自已。”王敦发怒说：“伯仁自己招致刑罚；况且一般人对待你，（胡三省注：以王彬的为人，周顗以一般人的态度对待他，也可以看出周顗的风度。）你为什么悲哀地哭他？”王彬说：“伯仁是长者，是兄长的亲友；在朝廷虽然没有直言进谏，也不是结党营私，而大赦后却被处以极刑，所以感到悲伤惋惜。”（胡三省注：根据《元帝纪》，四月，王敦进入石头城，辛未日大赦。）于是愤怒地数落王敦：“兄长举着旗帜冒犯朝廷，杀戮忠良，图谋不轨，灾祸将要降临到家族了！”言辞慷慨，声泪俱下。王敦大怒，厉声说：“你狂妄叛逆到这种地步，以为我不能杀你吗！”当时王导在座，为他害怕，劝王彬起身谢罪。王彬说：“脚痛不能下拜；况且这又有什么可谢的！”王敦说：“脚痛比得上颈痛吗？”王彬毫无惧色，最终不肯下拜。
王导后来整理中书省的旧档案，才看到周顗救助自己的表章，拿着它流泪说：“我虽然没有杀伯仁，但伯仁因为我而死，（胡三省注：在王敦三次询问时自己不回答的时候感到惭愧。）在阴间之中，我辜负了这位好朋友！”
沈充攻克吴国（今江苏苏州），杀内史张茂。
当初，王敦听说甘卓起兵，非常害怕。甘卓兄长的儿子甘卬是王敦的参军，王敦派甘卬回去劝说甘卓：“您这样做是尽臣节，我不责怪您。我家有急事，不得不这样做。希望您回军襄阳，我们会重新和好。”甘卓虽然仰慕忠义，但性格多疑，缺少决断，驻军在猪口（胡三省注：《水经》：沔水向东南流经江夏云杜县东，夏水从西边流来注入。《注》说：就是猪口。猪，与猪同。），想等各方一同出兵，停留几十天不前进。王敦占领建康后，就派朝廷使者用驺虞幡让甘卓的军队停止前进。（胡三省注：各方，指等待各地方镇一同出兵。驺虞是仁兽，所以用驺虞幡让军队停止。）甘卓听说周顗、戴渊死了，流泪对甘卬说：“我所担忧的，正是今天这种情况。况且如果圣上身安，太子平安，我在王敦的上游，也不敢轻易危害国家。如果我直接占据武昌，王敦形势危急，必定会劫持天子来断绝天下人的希望，不如回襄阳，再考虑以后的计划。”立即下令回军。都尉秦康和乐道融劝说甘卓：“现在分兵截断彭泽（今江西湖口），（胡三省注：彭泽县属豫章郡，彭蠡湖从这里流入长江。分兵截断彭泽湖口，可以使王敦上下不能相通。）使王敦的军队上下不能互相救援，他的部众自然会离散，可以一战擒获他。将军发动义兵却中途停止，我私下认为将军不该这样做。况且将军的部下，士兵各自追求利益，想西归，恐怕也不可能了。”甘卓不听。乐道融日夜哭泣劝谏，甘卓还是不听；乐道融忧愤而死。甘卓本性宽厚温和，突然变得强硬固执，直接回襄阳，情绪烦躁，举动失常，有见识的人知道他将要死了。
王敦任命西阳王司马羕为太宰，加授王导尚书令，王廙为荆州刺史；更换百官和各军镇的官员，被调动、贬黜、免职的有几百人；有时早上的命令晚上就改变，随心所欲。王敦将要回武昌，谢鲲对王敦说：“您到都城以来，称病不朝见，因此虽然建立了功勋，但人心其实还有不理解的地方。现在如果朝见天子，使君臣之间消除隔阂，那么人心就都会悦服了。”王敦说：“你能保证没有变故吗？”谢鲲回答说：“我近来入朝觐见，主上侧身而坐，等待见到您，（胡三省注：王者侧身等待贤人，谢鲲用这个说法。）宫廷之内安定，必定没有忧虑。您如果入朝，我请求陪同。”王敦发怒说：“就算再杀你们几百人，对时局又有什么损害！”最终没有朝见就离去了。夏季，四月，王敦回武昌。
当初，宜都内史天门人周级（胡三省注：吴孙皓永安六年，分武陵郡设立天门郡。充县有松梁山，山上有石头，石头裂开的地方几十丈，很高，用弩箭向上射，射不到上面，名叫天门，因此以天门为郡名。宋白说：澧州石门县，吴设立天门郡，隋撤销郡改为石门县。）听说谯王司马氶起兵，派他兄长的儿子周该偷偷到长沙，向司马氶表达忠诚。魏乂等人攻打湘州很紧急，司马氶派周该和从事邵陵人周崎偷偷出去求救，（胡三省注：这不是颍川的邵陵。吴孙皓宝鼎元年，分零陵北部都尉设立邵陵郡。）都被巡逻的人抓获。魏乂让周崎对城中喊话，说大将军已经攻克建康，甘卓回襄阳，外援按理说已经断绝。周崎假装答应，到了城下，大声呼喊：“援兵很快就到，努力坚守！”魏乂杀了他。魏乂拷问周该直到死，周该最终没有说出原因，周级因此得以幸免。
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魏乂等人的进攻日益紧迫，王敦又送来俘获的朝廷官员的书信，让魏乂射给司马氶看。城中的人知道朝廷失守，无不惆怅惋惜。相持将近一百天，刘翼战死，士兵死伤遍地。癸巳（初十），魏乂攻克长沙，司马氶等人都被俘获。魏乂将要杀虞悝，虞悝的子弟对着他号哭。虞悝说：“人生总会死，现在全家成为忠义之鬼，又有什么遗憾！”
魏乂用囚车装载司马氶和易雄送往武昌，属官都逃散了，只有主簿桓雄、西曹书佐韩阶、从事武延，脱下官服做僮仆跟随司马氶，不离左右。魏乂见桓雄姿态举止不凡，害怕他，就杀了他。韩阶、武延坚守志向更加坚定。荆州刺史王廙秉承王敦的旨意，在途中杀了司马氶，韩阶、武延送司马氶的灵柩到都城，安葬后才离去。易雄到武昌，意气激昂，毫无惧色。王敦派人把檄文给易雄看并数落他，易雄说：“这些确实有，可惜我职位低微，力量薄弱，不能挽救国家的危难。今天死，本来就是我的愿望。”王敦忌惮他言辞正直，释放了他，让他回住处。众人都祝贺他，易雄笑着说：“我怎么能活下去！”不久王敦派人偷偷杀了他。
魏乂寻找邓骞很急迫，同乡人都为他害怕，邓骞笑着说：“这是想任用我罢了，他刚得到湘州，杀了很多忠良，所以寻找我来满足众人的期望。”于是去见魏乂，魏乂高兴地说：“您是古代的解扬啊。”（胡三省注：《左传》：楚子包围宋国；晋国派解扬到宋国，让宋国不要向楚国投降；郑国人囚禁解扬并献给楚国。楚子用厚礼贿赂他，让他反过来劝降，解扬不答应；再三请求，才答应。登上楼车，让他向宋国喊话；解扬最终传达了晋君的命令。楚子将要杀他，让他说话：“你既然答应我却又反悔，为什么？赶快受刑！”解扬回答说：“接受命令出使，宁死也不废弃使命，又怎么可以贿赂呢！我答应您，是为了完成使命；死了却完成了使命，是我的福分。”楚子释放他回去。）任命邓骞为别驾。
元帝下诏让陶侃兼任湘州刺史；王敦上奏让陶侃回广州，加授散骑常侍。
6甲午（十一日），前赵的羊后去世，谥号献文。
7甘卓的家人都劝他防备王敦，甘卓不听，把士兵都遣散去种地，听到劝谏，就发怒。襄阳太守周虑秘密秉承王敦的旨意，谎称湖中有很多鱼，劝甘卓派身边的人都出去捕鱼。五月，乙亥（二十三日），周虑率兵在卧室袭击甘卓，杀了他，把首级送到王敦那里，同时杀了他的几个儿子。王敦任命从事中郎周抚督沔北诸军事，代替甘卓镇守沔中。（胡三省注：从南郑到襄阳，是沔水所经过的地方，所以称为沔中。）周抚是周访的儿子。
王敦得志后，更加残暴傲慢，四方的贡品大多进入他的府中，将相和地方长官都出自他的门下。（胡三省注：舜有四岳、十二牧，所以后来担任地方长官的人，称为岳牧。）以沈充、钱凤为谋主，只听从他们两人的话，被他们诬陷的人没有不死的。以诸葛瑶、邓岳、周抚、李恒、谢雍为爪牙。沈充等人都凶狠阴险，骄横放纵，大规模建造营府，侵占别人的田宅，在街市上劫掠，有见识的人都知道他们将要失败。
8秋季，七月，后赵中山公石虎攻克泰山，抓获徐龛送往襄国（今河北邢台）；后赵王石勒把他装在袋子里，在百尺高的楼上摔死，命令王伏都等人的妻子儿女把他的肉挖出来吃，（胡三省注：徐龛杀王伏都，见上卷大兴三年。）活埋他的降兵三千人。
9兖州刺史郗鉴在邹山（今山东邹城东南）三年，有部众几万人。（胡三省注：愍帝建兴元年，元帝任命郗鉴镇守邹山，现在已经几年了，所谓三年有部众几万人，是说郗鉴镇守邹山之后，三年之间，归附他的百姓有这么多。）战争不断，百姓饥饿，挖掘野鼠、冬眠的燕子来吃，被后赵逼迫，退到合肥（今安徽合肥）驻守。尚书右仆射纪瞻，认为郗鉴有美好的声望和清廉的品德，适合在朝廷任职，上疏请求征召他；于是征召郗鉴为尚书。徐州、兖州之间的各坞堡大多投降后赵，后赵设置地方官安抚他们。
10王敦自己兼任宁、益二州都督。（胡三省注：不是君主的命令，所以史书用“自领”记载。）
冬季，十月，己丑（初九），荆州刺史武陵康侯王廙去世。
王敦任命下邳内史王邃都督青、徐、幽、平四州诸军事，镇守淮阴（今江苏淮阴）；卫将军王含都督沔南诸军事，兼任荆州刺史；武昌太守丹阳人王谅为交州刺史。（胡三省注：《考异》说：《王谅传》说“永兴三年，王敦任命王谅为交州。”按：永兴三年就是惠帝光熙元年，《王谅传》错误。）让王谅逮捕交州刺史修湛、新昌太守梁硕并杀了他们。（胡三省注：吴孙皓建衡三年，分交趾设立新兴郡，武帝太康三年，改名为新昌郡。）王谅诱骗修湛，杀了他。梁硕起兵在龙编（今越南河内东北）包围王谅。（胡三省注：龙编县属交趾郡，州、郡的治所都在这里。）
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11祖逖死后，后赵多次侵犯黄河以南地区，攻克襄城（今河南襄城）、城父（今安徽亳州东南），包围谯郡（今安徽亳州）。豫州刺史祖约不能抵御，退到寿春（今安徽寿县）驻守。后赵于是夺取陈留（今河南开封东南），梁（今河南商丘）、郑（今河南郑州）之间又动荡不安了。
12十一月，任命临颍元公荀组为太尉；辛酉（十二日），荀组去世。
13撤销司徒，并入丞相府。（胡三省注：王敦以司徒的官属作为留府。王敦回武昌，遥控朝政，所以在健康设有留府。）