己巳日，下诏：“元旻、唐令则及太子家令邹文腾（胡三省注：《隋志》太子家令掌刑法、食膳等）、左卫率司马夏侯福、典膳监元淹（胡三省注：《隋志》典膳局置监、丞，属门下坊）、前吏部侍郎萧子宝、前主玺下士何竦（胡三省注：主玺下士是后周官职），都处斩，妻妾子孙没入官府。车骑将军榆林人阎毗（胡三省注：阎毗是榆林盛乐人，以车骑将军宿卫东宫，阎是姓，《左传》晋有阎嘉）、东郡公崔君绰、游骑尉沈福宝、瀛州术士章仇太翼（胡三省注：孙愐说汉有章弇，因避仇加“仇”字为章仇氏），特免死，各打一百杖，本人及妻子儿女、财产田宅都没入官府。副将作大匠高龙叉、率更令晋文建（胡三省注：隋率更令掌东宫伎乐、漏刻）、通直散骑侍郎元衡，都赐死。”于是召集群臣到广阳门外，宣读诏书行刑。将杨勇移到内史省，供给五品官的口粮。赐杨素物品三千段，元胄、杨约各一千段，奖赏他们审讯杨勇的功劳。
文林郎杨孝政上书劝谏：“皇太子被小人误导，应加以教诲，不应废黜。”文帝发怒，打他的胸部。
起初，云昭训的父亲云定兴，出入东宫毫无节制，多次进献奇服异器来讨好；左庶子裴政多次劝谏，杨勇不听。裴政对云定兴说：“你所作所为不合礼法。再说，元妃突然去世，外面议论纷纷，这对太子不是好名声。你应主动引退，否则将遭祸。”云定兴告诉杨勇，杨勇更疏远裴政，因此裴政出任襄州（今湖北襄阳）总管。唐令则被杨勇亲近，常让他以歌舞教宫女，右庶子刘行本责备：“庶子应辅佐太子走正道，怎能在后宫取媚！”唐令则很惭愧却不改。当时沛国人刘臻、平原人明克让、魏郡人陆爽，都因文学被杨勇亲近；刘行本恨他们不能规劝，常对三人说：“你们只懂读书！”夏侯福曾在阁内和杨勇嬉戏，大笑声传到外面。刘行本听到后，等他出来，数落：“殿下宽容，给你面子。你是什么小人，敢如此轻慢！”于是交执法者处置。几天后，杨勇为夏侯福求情，才释放。杨勇曾得良马，想让刘行本乘骑观看，刘行本严肃说：“至尊让我任庶子，是要辅佐殿下，不是做殿下的弄臣。”杨勇惭愧作罢。到杨勇被废，裴政、刘行本已去世，文帝感叹：“若裴政、刘行本在，杨勇不会到这地步。”
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杨勇曾宴请宫臣，唐令则自己弹琵琶，唱《娬媚娘》。洗马李纲（胡三省注：隋制门下坊司经局置洗马四人，洗，悉荐翻）起身对杨勇说：“令则身为宫卿，职责是辅佐引导，却在大庭广众自比倡优，献淫声，污染视听。此事若被主上知道，令则罪不可测，难道不是连累殿下吗！臣请立即治他的罪！”杨勇说：“我想取乐而已，你别多事。”李纲于是快步退出。到杨勇被废，文帝召集东宫官属严厉责备，都惶恐不敢回应。只有李纲说：“废立是大事，如今文武大臣都知不可却不肯说话，臣怎敢怕死，不向陛下说明！太子本性中等，可变好也可变坏。若陛下选正人辅佐，足以继承大业。如今却以唐令则为左庶子，邹文腾为家令，二人只知以歌舞鹰犬取悦太子，怎能不落到这地步！这是陛下的过错，不是太子的罪。”于是伏在地上流泪呜咽。文帝沉默很久说：“李纲责备我，不是没道理，但只知其一，不知其二；我选你做宫臣，而杨勇不亲近信任，即使换正人，又有何用！”李纲回答：“臣被亲近信任，正因奸人在侧。陛下只要斩唐令则、邹文腾，另选贤才辅佐太子，怎知臣最终会被疏远！自古废黜嫡子，很少不导致危亡，望陛下深思，不要后悔。”文帝不高兴，退朝，左右都为李纲胆战心惊。恰逢尚书右丞空缺，有关部门请求人选，文帝指着李纲说：“这是好右丞！”立即任用。
太平公史万岁从大斤山返回，杨素妒忌他的功劳，对文帝说：“突厥本已投降，起初不是来侵犯，只是在边塞放牧。”于是压下他的功劳。史万岁多次上表陈述情况，文帝没醒悟。文帝废太子时，正追查东宫党羽。文帝问史万岁在哪，史万岁其实在朝堂，杨素说：“万岁去东宫了！”来激怒文帝。文帝信以为真，下令召史万岁。当时他率领的将士在朝堂喊冤的有几百人，万岁对他们说：“我今天为你们向主上极力进言，事情会有结果。”见到文帝后，说“将士有功，被朝廷压制！”言辞语气愤怒激烈。文帝大怒，令左右打死他。不久后悔，派人追赶，没赶上，于是下诏陈述他的罪状，天下人都为他冤惜。
十一月，戊子日，立晋王杨广为皇太子；天下地震（胡三省注：杨广刚正位东宫就地震，上天示戒很明显）。太子请求降低礼仪服饰规格，宫官不称臣；十二月，戊午日，下诏同意。任命宇文述为左卫率。起初，太子谋划夺取继承权时，洪州（今江西南昌）总管郭衍参与，因此征召郭衍为左监门率（胡三省注：《隋志》东宫置左、右监门率，掌门禁）。
文帝把前太子杨勇囚禁在东宫，交太子杨广看管。杨勇自认为无罪被废，多次请求见文帝申冤，而杨广阻止他无法上达。杨勇于是爬上树大叫，声音传到文帝住所，希望能被召见。杨素却说杨勇精神错乱，被疯鬼附身，不可救药。文帝信以为真，杨勇最终没被召见。
起初，文帝灭陈后，天下都以为将太平，监察御史房彦谦私下对亲信说：“主上猜忌苛刻，太子软弱，诸王专权（胡三省注：指秦、晋、蜀三王分据地方），天下虽安，正担忧动乱。”他的儿子房玄龄也秘密对房彦谦说：“主上本无功德，靠欺诈得天下，诸子都骄奢不仁，必自相残杀，如今虽太平，灭亡指日可待。”房彦谦是房法寿的玄孙（胡三省注：房法寿见一百三十二卷宋太宗泰始三年）。
房玄龄和杜杲哥哥的孙子杜如晦都参加选拔，吏部侍郎高孝基善于识人，见房玄龄，感叹：“我见人多了，没见过这样的年轻人，将来必成大器，可惜见不到他大成。”见杜如晦，说：“你有应变之才，必担栋梁之任。”都把子孙托付给他们。
6 文帝晚年深信佛道鬼神，辛巳日，下诏“有盗毁佛及天尊、岳、镇、海、渎神像的，以不道罪论处（胡三省注：佛是西域天竺迦罗卫国净饭王太子释迦牟尼，舍弃王位出家学道，觉悟一切智慧，称为佛。《道经》说元始天尊生于太元之前，禀自然之气，永恒不灭。岳指五岳，镇指《周官·职方氏》记载的各地山镇，海、渎指四海四渎）；僧人毁佛像，道士毁天尊像的，以恶逆罪论处。”
7 这年，征召同州（今陕西大荔）刺史蔡王杨智积入朝（胡三省注：《隋志》冯翊郡后魏置华州，西魏改同州）。杨智积是文帝弟弟的儿子（胡三省注：杨智积是文帝弟杨整之子），性格谨慎，门无私人拜访，生活简朴，文帝很怜爱他。杨智积有五个儿子，只教他们读《论语》《孝经》，不让他们结交宾客。有人问原因，杨智积说：“你不懂我！”他的意思是怕儿子有才能而招祸。
8 齐州（今山东济南）行参军章武（今河北大城）人王伽送流放囚犯李参等七十多人到京师，走到荥阳（今河南荥阳），同情他们辛苦，都叫来对他们说：“你们自己犯国法，身戴枷锁，本是应得；辛苦押送的士兵，难道不惭愧吗！”李参等人道歉。王伽于是解开他们的枷锁，停掉押送士兵，对他们说：“我会到京师，若你们失约，我愿为你们受死。”说完离开。流放者感动，如期到达，无一逃跑。文帝听说后惊讶，召见王伽谈话，称赞很久。于是召来所有流放者，让他们带妻儿入宫，在殿庭赐宴并赦免。下诏说：“所有生灵都有灵性，知善恶、识是非。若以诚心相待，明确劝导，风俗必能改变，人都会向善。过去因天下动乱，道德教化废绝，官吏无慈爱之心，百姓怀奸诈之意。我想遵循圣法，以德化民，而王伽深知我的心意，诚心劝导，李参等人醒悟，自己到司法部门，可见天下人并非难教。若官吏都像王伽，百姓都像李参，刑罚不用，为期不远！”于是提拔王伽为雍县（今陕西凤翔）县令。
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9 太史令袁充上表：“隋建立后，白天逐渐变长，开皇元年冬至影长十丈二尺七寸二分，从此逐渐变短，到十七年，比原来短三寸七分。太阳离北极近则影短日长，远则影长日短；行内道则离北极近，外道则远（胡三省注：极指北极）。谨按《元命包》说：‘日月出内道，璇玑得其常。’（胡三省注：六纬之书有《春秋元命包》，孔安国说璇是美玉，玑是正天文的仪器）《京房别对》说：‘太平日行上道，升平行次道，霸代行下道。’大隋开国，上感上天，影短日长，自古罕见。”文帝临朝时对百官说：“影长的吉兆是上天保佑。如今太子新立，应改元，取日长之意为年号。”此后各种工程，都加紧进度，因白天变长，工匠很苦（胡三省注：史言袁充欺骗上天来害百姓）。
仁寿元年（辛酉年，公元601年）
1 春季，正月，乙酉朔日，大赦天下，改元。
2 任命尚书右仆射杨素为左仆射，纳言苏威为右仆射。
3 丁酉日，改封河南王杨昭为晋王。
4 突厥步迦可汗侵犯边塞，在恒安（今山西大同）击败代州（今山西代县）总管韩弘。
5 任命晋王杨昭为内史令。
6 二月，乙卯朔日，发生日食。
7 夏季，五月，己丑日，突厥男女九万人来投降。
8 六月，乙卯日，派十六名使者巡视风俗。
9 乙丑日，下诏因天下学校学生多而不精，只留国子学生七十人，太学、四门学及州县学校都废除（胡三省注：汉置太学，晋武帝立国子学，后国子、太学各设博士授徒；后魏太和二十年在四门置学，立四门博士；自汉以来郡有文学，隋郡、县都设博士）。殿内将军河间人刘炫（胡三省注：殿内将军即殿中将军，隋避讳改，属左、右卫；河间郡属瀛州）上书极力劝谏，文帝不听。秋季，七月，戊戌日，改国子学为太学。
10 起初，文帝接受北周禅让，怕民心不服，所以多称祥瑞来炫耀，伪造进献的不可胜数。冬季，十一月，己丑日，在南郊祭祀，用封禅礼仪，祭文详细叙述前后祥瑞来酬谢上天。
11 山獠作乱，任命卫尉少卿洛阳人卫文昇为资州（今四川资中）刺史镇守安抚（胡三省注：《隋志》洛阳县属河南郡洛州；资阳郡西魏置资州，治盘石）。卫文昇名玄，以字行世。刚到任时，獠人正攻打大牢镇（胡三省注：开皇十三年置大牢县，宋白说荣州应灵县本汉南安县，隋置大牢镇，《九域志》在州西一百五十里），卫文昇单骑到他们营中，说：“我是刺史，奉天子诏，安抚你们，不要害怕！”众獠人不敢动。于是说明利害，首领感动，解兵离去，前后归附的有十多万人。文帝大喜，赐绢二千匹。壬辰日，任命卫文昇为遂州（今四川遂宁）总管（胡三省注：《隋志》遂宁郡后周置遂州）。
12 潮（今广东潮州）、成（今广东封开）等五州獠人反叛，高州（今广东阳江）酋长冯盎驰往京师，请求讨伐。文帝令杨素和冯盎讨论敌情，杨素感叹：“没想到蛮夷中有这样的人！”立即派冯盎调江、岭兵力攻击。平定后，任冯盎为汉阳（今甘肃礼县）太守。
13 下诏任命杨素为云州（今内蒙古和林格尔）道行军元帅，长孙晟为受降使者，挟持启民可汗向北攻击步迦可汗。
二年（壬戌年，公元602年）
1 春季，三月，己亥日，文帝驾临仁寿宫。
2 突厥思力俟斤等向南渡河，抢掠启民可汗的部众六千人口、牲畜二十多万后离去。杨素率领各军追击，转战六十多里，大败敌军，突厥向北逃走。杨素又进军追击，夜里追上，怕他们逃脱，令骑兵稍退，亲自带两名骑兵和两名投降的突厥人与敌军同行，敌军没察觉；等他们宿营未稳，催促后面的骑兵突袭，大败敌军，全部夺回人畜交给启民。从此突厥远逃，沙漠以南不再有侵扰（胡三省注：碛，七迹翻；抄，楚交翻）。杨素因功进封儿子杨玄感为柱国，赐杨玄纵为淮南郡公。
3 兵部尚书柳述是柳庆的孙子（胡三省注：柳庆见一百六十一卷梁武帝太清二年），娶兰陵公主，恃宠任性，连杨素等人都被他轻视。文帝问符玺直长万年人韦云起（胡三省注：符玺局属门下省，直长四人；万年县属京兆）：“外面有什么不妥之事，可说来。”柳述当时在旁边，韦云起上奏：“柳述骄横，没经历世事，兵权机要，非他能胜任，只因是主婿，才居要职。臣担心舆论会认为陛下‘任官不选贤才，专私所爱’，这是最大的不妥。”文帝很同意，对柳述说：“韦云起的话是你的良药，可把他当师友。”秋季，七月，丙戌日，下诏内外官员各举所知。柳述推荐韦云起，任通事舍人（胡三省注：曹魏中书置通事一人，掌呈奏案章，正始中改为通事舍人，属中书省；隋改中书省为内史省）。