清朝称柯尔克孜族为布鲁特。为了反对准噶尔的掠夺，布鲁特与哈萨克、维吾尔一起进行了长期的反对准噶尔贵族奴役、掠夺的斗争。这个斗争，实际上与雍正、乾隆时期政府与准噶尔农奴主贵族的斗争东西呼应，起到了互相支持的作用。

十九世纪中叶，俄国势力逐步东侵，第二次鸦片战争时，沙俄乘机与清朝签定了《中俄北京条约》，给清政府强加了一条西北边疆地区中俄边界的分界线，把大批柯尔克孜部落划归俄国。1864年又强迫清政府签定了《中俄勘分西北界约记》，大部分柯尔克孜族部落被划入俄国。1884年清政府在新疆设省时，留在清朝版图内的柯尔克孜族人，只剩下当时柯尔克孜人口总数的二十分之一了。

1895年，英、俄瓜分帕米尔后，帕米尔东部色勒库尔（现代新疆塔什库尔干县）的柯尔克孜族人民，为阻挡沙俄继续东进，和沙俄进行了长期的斗争。

1916年，中亚地区的哈萨克族、柯尔克孜族因不堪忍受沙俄的专政统治而进行反抗，遭到残酷镇压，大约十五万柯尔克孜族难民迁到北疆伊犁、南疆阿克苏、乌什、喀什、伽师等地。

1954年7月14日，克孜勒苏柯尔克孜自治州宣布成立，自治州包括阿图什市、乌恰县、阿合奇县、阿克陶县……

这是一个在山巅上赛跑的民族，

这是一个在冰河中沐浴的民族，

这是一个用坚冰割断脐带的民族，

这是一个用强弓射虎猎豹的民族。

用婉转的歌声交换感情——这是一个有着奇妙之口的民族；

用流淌的琴弦传递心声——这是一个有着艺术天赋的民族；

用勤劳的双手创造未来——这是一个充满智慧的民族；

用激昂的诗句承传历史——这是一个创造英雄史诗的民族。

这是一位诗人对柯尔克孜族先民黠戛斯人的热情讴歌。”