14秋季，七月，北魏主拓跋嗣在牛川（今内蒙古锡拉木林河）大规模狩猎，到殷繁水（今内蒙古浑河）后返回；（胡三省注：《北史》说：登釜山，到殷繁水。《括地志》说：釜山在妫州怀戎县北三里。）戊戌日（二十四日），到达平城。
15八月，丙午日（初二），大赦天下。
16宁州（今云南晋宁）向太尉刘裕献上琥珀枕。（胡三省注：琥珀出自哀牢夷。《广雅》说：琥珀生在地下，上面及旁边不生草。深的八九尺，大如斛，削去皮，成琥珀如斗。起初像桃胶，凝固后变硬成为琥珀。《博物志》说：松脂沉入地下，千年化为茯苓，茯苓千年化为琥珀。现在泰山有茯苓而没有琥珀，永昌有琥珀而没有茯苓。）刘裕因琥珀可治疗金疮，得到后大喜，命令捣碎分赐北征将士。
刘裕任命世子刘义符为中军将军，监太尉留府事。刘穆之为左仆射，兼任监军、中军二府军司，（胡三省注：监军指刘义符，监管太尉留府军队。）入住东府（今江苏南京江宁东），总揽内外事务；任命太尉左司马东海人徐羡之为刘穆之的副手；左将军朱龄石守卫宫廷，徐州刺史刘怀慎守卫京城，扬州别驾从事史张裕负责留州事务。（胡三省注：任留州事即担任扬州留后事务。）刘怀慎是刘怀敬的弟弟。
刘穆之在内总掌朝政，在外供应军需，决断迅速，事情没有积压。宾客聚集，各种诉求繁多，内外咨询禀报的文书堆满台阶房屋；（胡三省注：盈阶满室指咨询禀报的文书。）他目览诉讼文书，手写书信，耳听汇报，口作应答，互不干扰，都能妥善处理。又喜爱宾客，言谈赏笑，整天不倦。稍有空闲，就亲手写书，查阅校定。生性奢侈，饮食必定摆满一丈见方的桌子，早上就准备十人的饭食，从不独自用餐。曾经对刘裕说：“我家本贫贱，生活所需常常缺乏。自从承蒙恩宠以来，（胡三省注：叨，土刀翻。）虽然常想节约，但早晚所需，还是稍微丰盛了些，除此之外没有一点辜负您的地方。”中军谘议参军张邵对刘裕说：“人生脆弱，应当长远考虑。刘穆之如果意外去世，谁能代替他？您的功业如此之大，（胡三省注：尊业指刘裕已成就的功业；尊是尊称。）如果有不测，后事怎么安排？”刘裕说：“这自然委托刘穆之和你了。”
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丁巳日（十三日），刘裕从建康出发，派遣龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济率领步兵从淮、淝向许、洛进军，新野太守朱超石、宁朔将军胡藩奔赴阳城（今河南登封东南），振武将军沈田子、建威将军傅弘之奔赴武关（今陕西丹凤东南）建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率领水军出石门（今河南荥阳北），从汴水进入黄河，（胡三省注：汴水首接济水，东南与淮河相通，是《汉书·地理志》所说的狼汤渠。从前大禹堵塞荥泽，开通此渠以通淮、泗，《禹贡》所说“疏导沇水，向东成为济水，流入黄河，溢出为荥泽，向东流出陶丘北”的地方。汉修河阳，开始立石门以拦水；水大时通黄河，水少时断流。）任命冀州刺史王仲德督前锋诸军，开辟钜野泽（今山东巨野北）进入黄河。（胡三省注：《水经》记载：济水北到东燕县，与黄河汇合。郦道元《注》说：济水从乘氏县分两支，东北流入钜野济的旧道，又北，右边汇合洪水。洪水上游承接钜野薛训渚，从渚到北口一百二十里，叫洪水。桓温在太和四年率军北进，挖渠通济水。义熙十三年，刘武帝西入长安，又扩大工程。从洪口以上，又称桓公渎，济水从此北流。）刘遵考是刘裕的族弟。刘穆之对王镇恶说：“主公现在把讨伐后秦的重任委托给你，你要努力！”王镇恶说：“我不攻克关中，发誓不再渡江！”
刘裕出发后，青州刺史檀祗从广陵擅自率军到涂中（今安徽滁州一带）袭击讨伐亡命之徒。刘穆之担心檀祗叛乱，商议派兵。当时檀韶为江州刺史，张邵说：“现在檀韶占据中游，檀道济为军队前锋，（胡三省注：指为讨伐后秦诸军的前锋。）如果有猜疑的迹象，那么留府就危险了，（胡三省注：大府指太尉留府，实际指建康。）不如先派人慰问观察他的意图，必定没有祸患。”刘穆之才作罢。
17当初，北魏主拓跋嗣派公孙表讨伐白亚栗斯，（胡三省注：事见上年。）说：“必须先与后秦洛阳守将互通消息，让他们防备黄河南岸，然后进攻。”公孙表未到，胡人废黜白亚栗斯，另立刘虎为率善王。公孙表因胡人内部不和，势必败散，于是不告诉后秦将领就进攻，被刘虎大败，士兵死伤很多。
拓跋嗣与大臣商议说：“胡人叛乱超过一年，讨伐不能攻克，他们的部众繁多，祸患日益加深。现在是深秋不能再发兵，妨碍百姓农事，（胡三省注：指妨碍秋收。）怎么办？”白马侯崔宏说：“胡众虽多，没有强将统领，最终不能成大患。公孙表等军队，不是兵力不足，而是法令不整，处置失当，导致失败。派素有威望的大将率领几百骑兵去统领公孙表的军队，没有不能攻克的。相州刺史叔孙建以前在并州，被胡人、汉人畏惧服从，将领们都比不上，可派遣他。”拓跋嗣听从，任命叔孙建为中领军，督率公孙表等讨伐刘虎。九月，戊午日（初五），大败他们，斩首一万多级，刘虎及司马顺宰都死，俘虏十多万口。
18太尉刘裕到彭城（今江苏徐州），加授兼任徐州刺史；任命太原人王玄谟为从事史。（胡三省注：刘裕兼任徐州，以王玄谟为徐州从事史。汉制：各州刺史都有从事史、假佐。后来宋文帝任用王玄谟而战败；到孝武初年，义宣、臧质之乱，最终依赖他平定。可见刘裕用人，还有汉高祖、诸葛亮的识见；唐太宗托付徐世积，喜爱薛仁贵，也未必能超过这一点。）
当初，王廞失败时，（胡三省注：事见一百九卷隆安元年。）僧人昙永藏匿他的小儿子王华，让他提着衣物包裹跟随。渡口巡逻兵怀疑，昙永呵斥王华说：“奴才为什么不快走！”打他几十下，（胡三省注：棰，止橤翻。）因此得以幸免；遇赦，返回吴郡（今江苏苏州）。因父亲生死不明，穿布衣吃素食，断绝交游不做官，十多年。刘裕听说王华贤能，想用他，于是为王廞发丧，让王华服丧。服丧期满，征召为徐州主簿。（胡三省注：刘裕任用王华，也是留给他儿子宋文帝的人才。）
王镇恶、檀道济进入后秦境内，所向披靡。后秦将领王苟生献漆丘（今河南商丘北，庄周曾为蒙漆园吏，后人因此称漆丘）投降王镇恶，徐州刺史姚掌献项城（今河南沈丘）投降檀道济，各屯守据点都望风归附。只有新蔡太守董遵不降，（胡三省注：新蔡县，汉属汝南郡。蔡平侯从蔡国迁到此地，所以叫新蔡。魏分属汝阴郡，晋惠帝分汝阴立新蔡郡。）檀道济攻克城池，擒获董遵，杀死他。进军攻克许昌（今河南许昌东），俘获后秦颍川太守姚垣及大将杨业。沈林子从汴水进入黄河，襄邑（今河南睢县）人董神虎聚集一千多人来投降，太尉刘裕任命他为参军。沈林子与董神虎共同进攻仓垣（今河南开封东北），攻克那里，后秦兖州刺史韦华投降。董神虎擅自返回襄邑，沈林子杀死他。
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后秦东平公姚绍对后秦主姚泓说：“晋军已过许昌；安定孤立遥远，难以救援，应当迁徙那里的镇户（胡三省注：姚苌兴起，以安定为根本；后来得到关中，以安定为重镇，迁徙百姓充实，称为镇户。）充实京畿，可以得到十万精兵，即使晋、夏交替入侵，还不至于亡国。否则，晋攻豫州，夏攻安定，怎么办？（胡三省注：夏，户雅翻。）时机已到，应当速决。”左仆射梁喜说：“齐公姚恢有威名，被岭北（今陕西礼泉以北）畏惧，镇人已与刘勃勃结下深仇，（胡三省注：指镇兵常与刘勃勃血战，有父兄子弟之仇。）理应死守不二。刘勃勃终究不能越过安定远攻京畿；如果没有安定，胡马必将到达郿县。现在关中兵力足以抵抗晋军，不必预先削弱自己。”姚泓听从。吏部郎懿横秘密对姚泓说：“姚恢在广平公（姚弼）之乱中，对陛下有忠勋。（胡三省注：《姓谱》说：懿以谥号为氏。指杀死吕超之事。）自从陛下即位，没有特殊赏赐报答他。现在外则置于死地，内则不参与朝政，安定人自认为孤立危急逼近敌寇，想南迁的十家有九家，若姚恢拥有几万精兵，进军京城，能不成为国家的祸患吗！应当征召回朝廷安慰他的心。”姚泓说：“姚恢如果有不轨之心，征召反而会加速祸乱。”又不听。
王仲德水军进入黄河，将要逼近滑台（今河南滑县东）。北魏兖州刺史尉建畏惧懦弱，率领部众弃城，北渡黄河。王仲德进入滑台，宣称：“晋本想用七万匹布帛向魏借道，没想到魏的守将弃城突然离去。”北魏主拓跋嗣听说，派遣叔孙建、公孙表从河内（今河南沁阳）向枋头（今河南浚县西南）进发，（胡三省注：打败刘虎后，于是派叔孙建等领兵南下。）渡过黄河，在城下斩杀尉建，把尸体投入黄河。呼喊王仲德的士兵，质问入侵的情况；王仲德派司马竺和之回答说：“刘太尉派王征虏从黄河进入洛阳，清扫先帝山陵，不敢对魏侵犯。魏的守将自己弃滑台离去，王征虏借空城休整军队，将要西进，对晋、魏的友好没有损害；何必扬旗鸣鼓炫耀武力呢！”拓跋嗣派叔孙建询问太尉刘裕。刘裕谦逊道歉说：“洛阳是晋的旧都，却被羌人占据；晋想修复山陵很久了。桓氏宗族，司马休之、司马国璠兄弟，鲁宗之父子，都是晋的祸害，而羌人收留他们成为晋的祸患。（胡三省注：义熙元年，桓谦等逃奔后秦，六年，入侵。十一年，司马休之、鲁宗之等逃奔后秦，后秦派他们领兵侵扰襄阳。六年，司马国璠等逃奔后秦，多次率领部众侵扰边境。璠，孚袁翻。）现在晋将要讨伐，想向魏借道，不敢不利魏。”北魏河内镇将于栗磾有勇名，在黄河边筑垒防备侵扰。刘裕写信给他，题“黑矟公麾下”。于栗磾喜欢用黑矟自我标榜，所以刘裕这样称呼他。北魏于是任命于栗磾为黑矟将军。（胡三省注：矟，色角翻。《通俗文》说：矛长一丈八的叫矟。）
19冬季，十月，壬戌日（初十），北魏主拓跋嗣到豺山宫。
20当初，北燕将领库傉官斌投降北魏，不久又叛逃返回北燕。北魏主拓跋嗣派遣骁骑将军延普渡濡水（今河北滦河）攻击库傉官斌，斩杀他；（胡三省注：《水经》记载：濡水从塞外而来，过辽西令支县北，又东南过海阳县西南，流入大海。《魏书·官氏志》记载：神元时，余部诸姓内入的可地延氏，孝文帝时改为延氏。）于是进攻北燕幽州刺史库傉官昌、征北将军库傉官提，都斩杀了他们。
21后秦阳城（今河南登封东南）、荥阳（今河南荥阳东北）二城都投降，晋军进至成皋（今河南荥阳汜水镇）。后秦征南将军陈留公姚洸镇守洛阳，派遣使者向长安求救。后秦主姚泓派遣越骑校尉阎生率领三千骑兵救援，武卫将军姚益男率领一万步兵协助防守洛阳，又派遣并州牧姚懿南屯陕津（今河南三门峡西，黄河渡口），（胡三省注：陕县在黄河南，考《水经》，陕县故城在黄河北，两城之间称为陕津。《左传》记载：秦伯伐晋，从茅津渡河，封殽山尸体而回。茅津即陕津。姚秦并、冀二州治蒲阪。）作为声援。宁朔将军赵玄对姚洸说：“现在晋寇深入，人心震动；寡不敌众，如果出战不胜，就大势已去。应当集中各戍的兵力，固守金墉（今河南洛阳东北，魏明帝所筑），等待西军救援。金墉不下，晋必不敢越过我们西进，这是不战而坐收其弊的办法。”司马姚禹暗中与檀道济勾结，主簿阎恢、杨虔都是姚禹的党羽，一起嫉恨赵玄，对姚洸说：“殿下以英武谋略，受命镇守一方；现在闭城示弱，难道不怕朝廷责怪吗！”姚洸认为对，于是派赵玄领兵一千多向南守柏谷坞（今河南偃师东南），（胡三省注：《水经注》记载：洛水东经偃师县南，又东经百谷坞北。戴延之《西征记》说：坞在川南，依山筑坞，高一十多丈。杜佑说：柏谷坞在缑氏县东北。）广武将军石无讳东守巩城（今河南巩义西南）。赵玄哭着对姚洸说：“我受三帝（姚苌、姚兴、姚泓）重恩，守节而死罢了。但明公不用忠臣之言，被奸人误导，后来必定后悔。”不久成皋、虎牢（今河南荥阳汜水镇西）都来投降，檀道济等长驱直入，石无讳到石关（今河南偃师西），逃回来。（胡三省注：从洛城东到偃师四十五里。偃师西山有汉广野君郦食其庙，庙东有二石阙。）龙骧司马荥阳人毛德祖与赵玄在柏谷交战，赵玄兵败，受十多处伤，伏地大喊。赵玄的司马蹇鉴冒刃抱住赵玄哭泣，赵玄说：“我伤势太重，（胡三省注：创，初良翻。）你应速走！”蹇鉴说：“将军不行，我去哪里！”与他一起战死。姚禹翻墙投奔檀道济。甲子日（十二日），檀道济进逼洛阳，丙寅日（十四日），姚洸出城投降。檀道济俘获后秦人四千多，商议的人想全部活埋筑成京观。（胡三省注：杜预说：堆积尸体封土在上面，称为京观。观，古乱翻。）檀道济说：“讨伐有罪，安抚百姓，正在今日！”都释放遣回。于是夷、汉百姓感动喜悦，归附的很多。阎生、姚益男未到，听说洛阳已失，不敢前进。
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己丑日（十七日），安帝下诏派遣兼司空高密王司马恢之拜谒五陵（宣帝高原陵、景帝峻平陵、文帝崇阳陵、武帝峻阳陵、惠帝太阳陵，都在洛阳附近），设置守卫。太尉刘裕任命冠军将军毛修之为河南、河内二郡太守，兼行司州事，戍守洛阳。
22西秦王乞伏炽磐派秦州刺史王松寿镇守马头（今甘肃天水西），以逼近后秦的上邽。（胡三省注：丁度说：嶓冢山在古上邽县，西有神马山。）
23十一月，甲戌日（初二），北魏主拓跋嗣返回平城。
24太尉刘裕派遣左长史王弘返回建康，暗示朝廷赐九锡。当时刘穆之掌管留守事务，而旨意从北方传来，刘穆之因此羞愧恐惧生病。（胡三省注：刘穆之辅佐刘裕，不仅才智不如荀彧，见识也不如。）王弘是王珣的儿子。（胡三省注：王珣起初被桓温器重，后来被孝武帝亲近任用。）十二月，壬申日（二十九日），安帝下诏任命刘裕为相国、总百揆、扬州牧，封十郡为宋公，备九锡之礼，地位在诸侯王之上，兼任征西将军、司、豫、北徐、雍四州刺史不变。刘裕辞让不接受。
25西秦王乞伏炽磐派遣使者到太尉刘裕那里，请求进攻后秦效力。刘裕任命乞伏炽磐为平西将军、河南公。
26后秦姚懿的司马孙畅劝说姚懿袭击长安，诛杀东平公姚绍，废黜后秦主姚泓而代之。姚懿认为对，于是散发粮食赐给河北（今山西芮城河北岸）的夷、汉百姓，（胡三省注：河北县自汉以来属河东郡，在蒲阪东，当时夷、汉百姓杂居。姚懿到陕津，于是散发粮食赐给他们。夏，户雅翻。）想树立私恩。左常侍张敞、侍郎左雅劝谏说：（胡三省注：左常侍、侍郎都是姚懿的封国官员。）“殿下以母弟身份镇守一方，安危祸福，与国家相同。现在吴寇（晋军）入侵，四州（徐州、兖州、豫州、荆州）沦陷，西虏（刘勃勃）侵扰边境，秦、凉失败，（胡三省注：指赫连勃勃攻克上邽，沮渠蒙逊进入姑臧。）朝廷危险，如累卵。粮食是国家的根本，而殿下无故散发，空耗储备，怎么办？”姚懿发怒，鞭打杀死他们。
姚泓听说后，召东平公姚绍秘密商议。姚绍说：“姚懿本性见识浅薄，随波逐流，策划这事的必定是孙畅。只需快速派人征召孙畅，派抚军将军姚赞据守陕城（今河南三门峡西），我去潼关调度各军。如果孙畅奉诏而来，我会派姚懿率领河东现有军队共同抵御晋军；如果不接受诏命，就声讨他的罪行进行讨伐。”姚泓说：“叔父的话，是国家的大计。”于是派遣姚赞及冠军将军司马国璠、建义将军虵玄屯守陕津，武卫将军姚驴屯守潼关。
姚懿于是举兵称帝，向州郡传布檄文，想运匈奴堡的粮食供给镇人（姚懿镇守蒲阪的部众）。宁东将军姚成都抵抗，姚懿用谦卑的言辞引诱，送佩刀立誓，姚成都不从。姚懿派遣骁骑将军王国率领几百披甲士兵进攻姚成都，姚成都反击擒获他，派遣使者责备姚懿说：“明公以至亲担任重任，国家危难不能救，反而图谋非分；三祖（姚弋仲、姚苌、姚兴）的神灵，会保佑明公吗！我将纠集义兵，到黄河边见明公。”（胡三省注：蒲阪临河，所以说河上。）于是向各城传布檄文，说明顺逆，征兵调粮讨伐姚懿。姚懿也征发各城军队，没人响应，只有临晋（今陕西大荔东）几千户响应。姚成都领兵渡河，进攻临晋叛军，打败他们。镇人安定人郭纯等起兵包围姚懿。东平公姚绍进入蒲阪，擒获姚懿，诛杀孙畅等。
27这一年，北魏卫将军安城孝元王叔孙俊去世。北魏主拓跋嗣很惋惜，对他的妻子桓氏说：“生前同享荣耀，能死后同受哀戚吗？”桓氏于是自缢而与他合葬。（胡三省注：拓跋嗣即位，叔孙俊有功，事见一百一十五卷义熙四年。）
28丁零人翟猛雀驱赶掠夺官吏百姓，进入白涧山（今山西阳城西北，濩泽水发源地）作乱；（胡三省注：白涧山应当在汉河东濩泽县西。《水经注》记载：濩泽水出濩泽城西白涧岭，东经濩泽。濩泽，唐泽州阳城县就是此地。）北魏内都大官河内人张蒲与冀州刺史长孙道生讨伐。长孙道生是长孙嵩的侄子。长孙道生想进兵攻击翟猛雀，张蒲说：“官吏百姓不是乐意作乱，是被翟猛雀胁迫。现在不区分，一起攻击，即使想悔改，也无路可走，必定同心协力，据险抵抗官军，不容易迅速平定。不如先派使者晓谕，不与翟猛雀同谋的都不连坐，他们必定高兴而离散。”长孙道生听从，投降的几千家，让他们恢复旧业。翟猛雀与他的党羽一百多人出逃，张蒲等追击斩翟猛雀首级；左部尚书周几彻底讨伐残余党羽，全部诛杀。